Laudato sie, mi' Signore, cum tucte le tue creature, spetialmente messor lo frate sole,  lo qual è iorno, et allumini noi per lui. Et ellu è bellu e radiante cum grande splendore, de te, Altissimo, porta significatione. (San Francesco)

Non sappiamo l’anno di fondazione del monastero e della sua chiesa, ma un rogito del 1234 dell’archivio di San Michele in Bosco ne attesta già la presenza nel Castello di Persiceto. Non è altresì di poco conto il fatto che un monaco di questo convento, Fra’ Bonagrazia Tielci venga nominato nel 1279 Ministro Generale dell’Ordine.

Edificati fuori dalla cinta del Castello, ne vengono sostanzialmente inglobati, quando nel 1318 una ordinazione di Bologna dispone lo scavo di un fosso attorno alla Chiesa dei Frati Minori per una sua maggior fortificazione.

Il 1489 va ricordato per l’evento dell’Immagine della B.V.(a sinistra della Cappella Maggiore), il cui velo di protezione di solleva inspiegabilmente più volte, durante la messa. Grande è la risonanza di questo accadimento, a cui si fanno ricollegare guarigioni miracolose, con conseguenti benefici economici per la comunità cenobitica: ci piace credere che l’affresco, oggi visibile sotto il portico orientale, rappresenti quella antica immagine, murata dopo la profanazione della Chiesa.

Nel 1688 il padre guardiano Costanzo dei Poeti fa costruire a proprie spese un lungo portico di 28 arcate che staccandosi da Via Borletto, di fronte all’altro portico delle Monache di San Michele, arriva fino alla porta laterale della Chiesa: l’apertura di vie traverse, dei secoli successivi, e la costruzione di edifici lungo il suo percorso incideranno sulla integrità e limpidezza architettonica del portico, che subirà sbrecciature e inglobamenti.

Non si possono non ricordare di questo periodo due importanti opere pittoriche, anche se la loro perdita, per il Convento, è maturata nel giro di pochi decenni dalla loro esecuzione: un “San Francesco che riceve le stimmate “ del Guercino (1633), scomparso ma fortunosamente ritrovato in epoca recente, e un “San Sebastiano”  di Tiziano Vecelio, venduto “per fare cassa” nel 1709 al Marchese Ranuzzi Cospi.

Alla fine del XVII e per tutto il XVIII sec. è tutto un fiorire di edifici di culto, a cui non si sottrae il convento dei Minori, che nel 1742 pone la prima pietra per una nuova chiesa  su progetto del più importante architetto del barocco bolognese Alfonso Torreggiani, che giungerà a compimento solo nel 1773, non senza difficoltà per endemica deficienza di mezzi economici.

L’edificio, che va a sostituire l’antica chiesa medievale, si caratterizza per sobrietà e mancanza di elementi decorativi esterni, mentre al suo interno viene dotata di sette altari arricchiti da ornati e statue in gesso del grande scultore “barocchetto” Angelo Gabriello Pio ( delle quali oggi non ne rimane traccia). Rimane però incompiuta la zona settentrionale (corrispondente all’altare maggiore) che viene privata dell’abside, tamponata da una parete rettilinea dipinta all’interno con la tecnica del trompe l’oeil 

A partire al 1798, con la soppressione napoleonica e fino al 1859, con la caduta del governo Pontificio, sostituito due anni dopo da quello del Regno d’Italia, è tutto un susseguirsi di vendite a privati, ritrattazioni, ripresa di possesso del convento  e preservazione al culto della chiesa, che addirittura nel 1832 è ancora oggetto di restauro e abbellimento.

Tutto però si conclude nel 1866/67 con la promulgazione delle leggi (così dette “eversive”), che dispongono la soppressione degli ordini, delle congreghe, dei monasteri e, in sequenza, di tutti gli enti religiosi italiani con incameramento delle loro proprietà mobili e immobili. Non ne sono esenti ovviamente la chiesa e il convento dei frati minori, che passano di proprietà definitivamente al Comune.

Si salvano solo poche opere d’arte sacra acquisite dalla Chiesa Parrocchiale (come le statue in cartapesta del Piò e la pala di Sant’Anna del Gandolfi), o collocate dallo stesso Comune in ambienti laici (come la caduta di San Paolo, del Crespi).

Anche il chiostro del convento subisce la stessa destinazione, pur preservando pressoché intatta la sua tradizionale architettura di quadrilatero porticato. All’interno del suo refettorio a metà degli anni ’90 viene scoperto, con l’abbattimento di una intercapedine, un interessante affresco (a tema “Ultima Cena”) databile attorno al sec.XVI, di cui si era persa memoria.

Tra i 2001 e il 2012 vengono compiute importanti opere di recupero del complesso conventuale e di studio e ricerca sulle sue origini attraverso sondaggi archeologici.