L’imponente edificio della chiesa, completamente ricostruita nel Settecento, ha subito una serie di vicissitudini storiche sfortunate. Alla prima spoliazione napoleonica, con la scomparsa misteriosa di una tela del Guercino dedicata a S. Francesco, e al ritorno dei frati che faticosamente riassestano la chiesa, fa seguito il definitivo esproprio di tutto il complesso da parte del nuovo regno d’Italia.

La chiesa viene trasformata prima in caserma militare e poi in deposito comunale e sede dei pompieri con abbattimenti e passaggi di servizio. Oggi l’ampia navata, restaurata senza cancellare i segni delle passate vicissitudini, è un contenitore polivalente, dove capitelli corinzi, simboli francescani e brani di parete dai delicati colori settecenteschi convivono con le cappelle svuotate, i fori e il fascino dei saggi archeologici che ci portano indietro nel tempo a leggere i pavimenti delle varie epoche.

Anche il convento con il bel chiostro dalle evidenti tracce quattrocentesche cambia destinazione ma si trasforma, più congruamente, in scuole comunali di vario livello. Dopo il terremoto e la ristrutturazione, il convento è oggi sede del museo “Fisica Experience”.